V tomto období netopýři nepřijímají potravu a energii čerpají pouze z tukových zásob, které nashromáždili během podzimu. Zimní spánek není zcela nepřetržitý,netopýři občas procitají, aby změnili místo v úkrytu, zbavili se nahromaděných produktů metabolismu, popřípadě aby přelétli do úkrytu jiného. Každé probuzení je však pro netopýra energeticky velmi náročné, proto by v průběhu zimování netopýři neměli být rušeni, zejména ne opakovaně, neboť by mohlo dojít k předčasnému spotřebování tukových zásob a úhynu.
Období zimování lze /podobně jako letní kolonie/ označit jako velmi citlivou fázi životního cyklu netopýrů. Za úkryty netopýrům v tomto období slouží hlavně jeskyně, štoly, sklepy, bunkry pohraničního opevnění, ale také dutiny stromů, skalní štěrbiny apod. V podzemních zimovištích jsou netopýři obzvlášť zranitelní, neboť zde mohou být rušeni nejrůznějšími návštěvníky těchto prostor, nejčastěji trampy, kteří navíc někdy rozdělávají v podzemí oheň.
Následné zakouření, jež v některých prostorách může přetrvávat značně dlouhou dobu, má na netopýry mimořádně negativní vliv. Ochrana netopýrů v podzemních zimovištích spočívá obvykle v zamezení přístupu nepovolaných osob pomocí mříže, která má dostatečně velké průletové otvory pro netopýry. Nevhodný způsob zajištění vchodů do podzemí však může naopak vést k opuštění úkrytu a může mít nepříznivý vliv na danou populaci netopýrů.
